Depois do término do incrivelmente popular MMORPG de realidade virtual ""The World"", uma nova versão do jogo - The World R:2 - é lançada. Em seu primeiro dia no jogo, o recém-chegado Haseo acha que fez alguns amigos para fazer quests. No entanto, como se estivessem zombando de seus sentimentos, eles matam seu personagem apenas por diversão. Felizmente, ele é salvo pelo jogador misterioso de um braço só chamado Ovan, que se oferece para mostrar o The World para ele.

Junto com Ovan e sua amiga clériga Shino, Haseo desfruta de um maravilhoso primeiro ano no jogo. Mas essa vida pacífica é destruída quando o personagem de Shino é morto por uma figura familiar conhecida como Tri-Edge, cujas vítimas caíram em coma no mundo real. Em um acesso de raiva, Haseo jura encontrar o evasivo Tri-Edge e matá-lo.

Passando-se durante o primeiro ano de Haseo no The World, .hack//Roots explora as amizades que Haseo construiu no jogo antes de Tri-Edge separá-las.