Após uma guerra interplanetária no início do século 21, o planeta Terra ficou em ruínas, com grande parte de seu ecossistema completamente destruído. Como não era mais possível viver uma vida normal neste planeta, os habitantes são forçados a se mudar para outros planetas onde a vida, esperançosamente, será mais confortável.

A Organização Comercial Galáctica Profunda, um governo totalitário que afeta muitos dos planetas recém-habitados, chegou à conclusão de que a música é uma fonte de mal, e que ela deve ser banida e destruída para sempre. O grupo de talentos AKB0048 é formado em breve, com base nos membros originais do AKB48 que uma vez viveram na Terra. Mesmo que sua música seja agora considerada universalmente ilegal, eles fazem sua missão trazer a música de volta à vida viajando de um planeta para outro e realizando tantos concertos quanto possível. Eles devem passar por um novo conjunto de métodos de treinamento para se tornarem o melhor que possam ser, enquanto evitam o perigo constante de serem presos por causa de sua música. Junte-se às estrelas pop interplanetárias do AKB0048 enquanto eles tentam salvar o mundo - com música!