Depois dos eventos de Amagami SS, o estudante de ensino médio Junichi Tachibana continua seus relacionamentos com as garotas de sua escola. Amagami SS+ Plus oferece um vislumbre do que aconteceu depois da resolução da história individual de cada garota.

Novos eventos começam a acontecer entre cada uma das garotas e Junichi. Tsukasa Ayatsuji, a representante de sala, se candidata a presidente do conselho estudantil; Rihoko Sakurai, que assumiu o Clube do Chá com Junichi, ainda quer confessar seus sentimentos por ele; Ai Nanasaki questiona o futuro de seu relacionamento com Junichi quando ele sai para a faculdade; Kaoru Tanamachi se pergunta se seu relacionamento com Junichi irá algum dia avançar; Sae Nakata e Junichi lidam com colegas que ainda não acreditam que alguém tão bonita seja sua namorada; e Haruka Morishima quer levar seu relacionamento ao próximo nível e se casar.