Natsume Tomoharu é um estudante do ensino médio normal em todos os aspectos, exceto por um: ele está sendo seguido pelo fantasma de sua melhor amiga, Misao.

Depois de se mudar para a antiga casa de seu irmão, Tomoharu espera continuar vivendo sua vida normal, mas um dia é deixado com uma maleta misteriosa e trancada, sem nenhuma instrução. No início, ele planeja deixá-la guardada, mas logo sua casa é invadida por vários grupos de pessoas atrás da maleta. Embora ainda não saiba o propósito da maleta, Tomoharu e Misao tentam escapar com ela.

A partir daí, Tomoharu tenta aprender os segredos por trás da maleta, as conexões entre ela e Misao e por que tem o poder de mudar o mundo.