Ao longo da história, os humanos têm estado em conflito com os Homens-Bestas, uma espécie capaz de mudar de forma devido ao seu ""Fator-Bestial"" genético. Devido a esse conflito, os Homens-Bestas foram forçados a se esconder. A Cidade Anima serve como um refúgio seguro para esses indivíduos oprimidos viverem livres da interferência humana.
Durante um festival comemorando o décimo aniversário da cidade, Michiru Kagemori, uma humana que de repente se transformou em um tanuki, descobre que a Cidade Anima está longe de ser um paraíso. Após testemunhar uma explosão na praça, é confrontada por Shirou Ogami, um lobo aparentemente indestrutível e protetor juramentado de todos os Homens-Bestas. Conforme perseguem os criminosos por trás do atentado, descobrem que Michiru é tudo menos uma Homem-Besta comum e procuram investigar o seu passado misterioso e habilidades excepcionais. Ela poderia se revelar o elo perdido entre Humanos e Homens-Bestas?