Um menino, Tsuwabaki Daiya, encontrou um fogo negro no oceano quando ele e seu pai estavam em um pequeno barco. Um monstro enorme saiu do fogo, e o pai e a tripulação desapareceram no mar. Quando Daiya estava prestes a se tornar a próxima vítima, um grande dragão mecha apareceu e o salvou.

Cinco anos depois, Daiya se torna um aluno do ensino médio. Um grande monstro reaparece e ele conhece o dragão mecha, ""Daiku Maryu"". A cabeça do dragão se separa do corpo e se transforma no corpo de um super robô, Gaiking. Ele entra em Gaiking, luta contra o monstro e o vence.

Ele descobre que há um inimigo que conspira para conquistar o mundo e parte para outro mundo, Darius, para impedir o plano.