Kanji Sasahara é um calouro introvertido da faculdade que está apenas procurando um lugar para se encaixar. Um dia, ele tropeça no clube conhecido como Sociedade para o Estudo da Cultura Visual Moderna - também conhecido como Genshiken - que reúne todo o espectro da cultura otaku. Sua primeira visita ao clube, no entanto, não termina bem, pois o orgulho de Sasahara é esmagado por seu sênior, Harunobu Madarame, e ele deixa a reunião em total negação de sua natureza otaku. No entanto, depois de se tornar amigo do membro do clube, Makoto Kousaka, que se revela um otaku hardcore apesar de sua aparência, Sasahara se envolve mais com as atividades do clube, que incluem obsessão por seu anime favorito, leitura de doujinshi e participação em convenções. Lá, ele conhece outras pessoas interessantes, como a namorada de Kousaka, Saki Kasukabe, que não é otaku e se esforça para transformar seu namorado em um ""cara normal"".

Enquanto Saki luta para entender a cultura otaku e o amor de seu namorado por ela, Sasahara encontra-se desfrutando do seu tempo em Genshiken, gradualmente abandonando qualquer negação que ele já teve sobre ser um otaku e se imergindo em um estilo de vida otaku.