Adentrando a natureza selvagem, o cético Ryouta Murakami e a ambiciosa Kuroneko estavam em uma missão para provar a existência de vida extraterrestre quando um trágico acidente ocorreu, ceifando a vida de Kuroneko e deixando Ryouta gravemente ferido.

Dez anos se passaram desde o desastre e Ryouta está vivendo uma vida normal no ensino médio. Ele promete provar que aliens são reais em honra à sua amiga falecida. Uma estudante transferida chamada Neko Kuroha chega inesperadamente um dia, tendo uma semelhança surpreendente com a falecida Kuroneko - inclusive compartilhando um nome similar. Mais misteriosamente, ela parece possuir poderes sobrenaturais.

Conforme Ryouta se interessa mais por Neko, ele é arrastado para um mundo mortal onde cientistas perigosos perseguem bruxas com poderes mágicos que fugiram de seu laboratório de pesquisa secreto. Neko é uma dessas fugitivas, mas há muitas outras em situações similares, e cabe a Ryouta protegê-las de seus potenciais capturadores.