No futuro, grande parte da Terra está coberta por água devido aos efeitos do aquecimento global. A órfã Maia Mizuki, de 15 anos, acaba de se formar no ensino médio e já se candidatou a um emprego na elite paramilitar da Agência Oceânica, parte do governo mundial futurista. Somente os alunos mais inteligentes, aptos física e mentalmente são elegíveis para a admissão. Maia, a protagonista da série, está prestes a se tornar uma das poucas selecionadas. No entanto, sua vida ideal rapidamente desmorona. Para sua decepção, Maia falha inesperadamente em seus exames de admissão. Para piorar, ela é expulsa de sua casa e se torna vítima de furto, sequestro e até mesmo tiros. Ela é ""salva"" por duas mulheres (Rena e Shizuka) que fazem parte de uma organização de ajuda pouco convencional chamada Nereidas (inspirada nas mitológicas Nereidas gregas). Sem ter para onde ir, Maia se junta à Nereidas, assumindo trabalhos desde capturar criminosos procurados até resgatar gatos perdidos, muitas vezes com resultados inesperados. Gloria e Yu se juntam à Nereidas posteriormente. O subtítulo ""Daphne"" refere-se a uma trama secundária que começa na metade da série e se torna fundamental para Maia. ""Brilliant Blue"" refere-se ao fato de que este é um mundo coberto de água com muito pouco de terra. O mundo é composto por vastos oceanos, algumas ilhas e cidades flutuantes.