Quando era criança e estava capturando insetos, Jin Mikuriya encontrou um deus de forma fatal, que se tornou a inspiração para sua mais nova obra de arte: O Espírito da Árvore. Tentando pensar em uma maneira de levar a estátua de madeira para a escola, Jin acredita que o resto do dia será passado admirando seu trabalho. Mas antes que ele possa sequer levantá-la, a escultura começa a absorver a terra ao redor e explode em uma garota fofa!

A garota, Nagi, que se apresenta como guardiã da Terra, proclama que Jin deve ajudá-la a se livrar das ""impurezas"" que assolam a terra. Mas, infelizmente, devido à árvore de Nagi ter sido cortada e seus poderes completamente drenados, ela se encontra purificando as impurezas apenas com uma varinha mágica! Com suas vidas agora entrelaçadas, Jin e Nagi encontram maneiras de aprender mais sobre o outro através de uma infinidade de episódios diários.