É o ano de 2004 DC e o pandemônio começa quando uma misteriosa raça alienígena parecida com um sapo enche o céu com UFOs — ou pelo menos é o que sonha Fuyuki Hinata, de 12 anos. Coincidentemente, o sargento Keroro, líder de um esquadrão preliminar para a invasão Keroniana de Pekopon, o nome alienígena para a Terra, começa sua missão invadindo a casa de Fuyuki. Depois de subjugar o garoto e sua irmã, Keroro planeja se reunir com seus companheiros e retornar à nave-mãe para consertar seu dispositivo de invasão inestimável, a Kero Ball. Infelizmente, ele recebe a informação de que a sede abandonou a recuperação de sua unidade devido a um problema sem precedentes que forçou o restante dos Keronianos a fugirem.

Consequentemente, Keroro é forçado a ficar na residência Hinata junto com o amigável e sonhador Fuyuki, sua irmã temperamental e atlética Natsumi e sua mãe atraente e trabalhadora, Aki. Agora preso até novo aviso, Keroro e sua tropa passam cada dia planejando a dominação mundial, mas são frustrados cada vez por vários fatores inesperados. No entanto, enquanto convivem com humanos, eles aprendem a tratá-los como amigos e aliados, formando conexões cômicas e significativas que tornam suas vidas na Terra valiosas.