No ano de 2029, a Cidade de Niihama se tornou uma metrópole tecnologicamente avançada. Graças a grandes melhorias na cibernética, seus cidadãos são capazes de substituir membros por partes robóticas. O mundo está agora mais interconectado do que nunca, e a Seção de Segurança Pública 9 da cidade é responsável por combater a corrupção, o terrorismo e outras ameaças perigosas que surgem com essa nova era de globalização. A determinada Major Motoko Kusanagi, da Seção 9, lidera um caso envolvendo um misterioso hacker conhecido apenas como "Puppet Master" (Mestre das Marionetes), que deixa um rastro de vítimas privadas de suas memórias. Assim como muitos neste mundo futurista, o corpo do Puppet Master é quase totalmente robótico, conferindo a ele um poder incrível. Enquanto Motoko e seus subordinados seguem a trilha do enigmático criminoso, outras partes - incluindo a Seção 6 - começam a se envolver, forçando-a a confrontar a natureza extremamente complicada do caso. Reflexionando sobre diversas questões filosóficas, como o significado de sua própria vida, Motoko logo percebe que a pessoa que lhe fornecerá essas respostas não é ninguém menos que o próprio Puppet Master. Com elementos de ação, pensamento filosófico e uma narrativa intrigante, "Ghost in the Shell" (Ghost in the Shell: O Fantasma do Futuro) desafia os limites da identidade e da humanidade em um mundo cada vez mais dominado pela tecnologia.