Durante o amanhecer do século 21, o Instituto de Pesquisa Kurobe das Nações Unidas foi estabelecido no Japão para investigar um artefato antigo, que foi descoberto durante a construção da Barragem de Kurobe. Cientistas de todo o mundo se reuniram na instalação para estudar o objeto, enquanto seus filhos desfrutam de suas vidas cotidianas frequentando a Escola Secundária Internacional Sênior do Monte Tate.

Yukina Shirahane, uma garota reservada do ensino médio, é filha da cientista-chefe da instalação. Ao visitar sua mãe na instalação, Yukina consegue resolver parte do quebra-cabeça do artefato. Para sua surpresa, o que aparece diante dela é Kennosuke Tokisada Ouma, um jovem samurai da era Sengoku.

Com uma ameaça se aproximando do espaço exterior, Yukina, junto com Kennosuke, se vê defendendo a Terra contra as forças invasoras. Ao longo do caminho, ela descobre o mistério por trás de Kennosuke e o motivo pelo qual ele está determinado a protegê-la.