Seguindo os Little Busters depois de terem perdido o primeiro jogo de beisebol, a equipe decide ter uma festa de panquecas. Já se passou quase um semestre desde o retorno de Kyousuke Natsume. Como de costume, Riki Naoe continua ajudando os membros dos Little Busters - tanto antigos quanto novos - a lidar com suas lutas interiores. No entanto, coisas estranhas começam a acontecer, levando Rin Natsume e Riki mais perto de desvendar a verdade por trás do ""segredo deste mundo"".

Porém, Rin e Riki não sabem que sua descoberta acabará mudando de vez as vidas pacíficas criadas pelos Little Busters. Little Busters!: Refrain traz uma conclusão às histórias coloridas de seu elenco de personagens - forjadas com o peso das emoções e fortalecidas com o laço da amizade - enquanto eles lidam com seus arrependimentos e fraquezas.