Dez anos após sofrer a derrota na Quarta Guerra do Santo Graal, Waver Velvet, agora Lord El Melloi II, ministra aulas na Torre do Relógio - centro de educação para magos. No entanto, seu novo título de ""Lord"" vem com uma condição: obedecer às ordens de Reines, a irmã mais nova de Kayneth El Melloi, falecido, até que ela seja capaz de governar a Casa de El Melloi.

Waver, acompanhado de sua misteriosa aprendiz Gray, assume uma série de casos atribuídos por Reines e pela Associação de Magos. Com cada caso se mostrando mais complexo do que o anterior, poderia haver mais na Torre do Relógio do que aparenta, e que segredos Reines esconde?