ambientado 10 anos após Mahou Shoujo Lyrical Nanoha A's, Nanoha, Fate, Hayate e o resto da equipe agora trabalham em tempo integral no Bureau de Administração Espaço-Tempo. Nanoha é uma instrutora de combate, Fate é uma investigadora especial e Hayate é uma oficial comandante. Eles devem se unir novamente para salvar as dimensões. Além disso, apresentam-se novos personagens: Subaru, Teana, Caro e Erio. Preparem-se. Prontos. Comecem!