Madoka Kaname e Sayaka Miki são garotas comuns do ensino médio com vidas regulares, mas tudo muda quando elas encontram Kyuubey, um familiar mágico parecido com um gato, e Homura Akemi, a nova estudante transferida.

Kyuubey oferece a elas uma proposta: ele concederá qualquer desejo delas e, em troca, elas se tornarão garotas mágicas, ganhando poder suficiente para realizar seus sonhos. No entanto, Homura Akemi, uma garota mágica ela mesma, as incentiva a não aceitar a oferta, afirmando que nem tudo é o que parece.

Uma história de esperança, desespero e amizade, Mahou Shoujo Madoka★Magica trata das dificuldades de ser uma garota mágica e do preço que se deve pagar para realizar um sonho.