Há muito tempo, todos os humanos viviam debaixo do mar. No entanto, algumas pessoas preferiam a superfície e abandonaram a vida subaquática permanentemente. Como consequência, foram privadas de sua proteção divina chamada ""Ena"", que lhes permitia respirar debaixo d'água. Com o tempo, a divisão entre os habitantes do mar e da superfície se ampliou, embora o contato entre os dois povos ainda existisse. Nagi no Asu kara acompanha a história de Hikari Sakishima e Manaka Mukaido, juntamente com seus amigos de infância Chisaki Hiradaira e Kaname Isaki, que são obrigados a deixar o mar e frequentar uma escola na superfície. Lá, o grupo também conhece Tsumugu Kihara, um colega de classe e pescador que ama o mar. As vidas de Hikari e seus amigos estão destinadas a mudar enquanto lidam com o ódio arraigado e a discriminação entre as pessoas do mar e da superfície, as tempestades em suas vidas pessoais, bem como uma tempestade iminente que pode significar a ruína para todos que habitam na superfície.