Quinze anos após um cataclismo conhecido como o Segundo Impacto, o mundo enfrenta uma nova ameaça: seres celestiais monstruosos chamados ""Anjos"" invadem Tóquio-3 um por um. A humanidade é incapaz de se defender contra os Anjos, apesar de utilizar suas munições e táticas militares mais avançadas. A única esperança para a salvação humana está nas mãos da NERV, uma organização misteriosa liderada pelo frio Gendou Ikari. A NERV opera robôs humanoides gigantes chamados ""Evangelions"" para combater os Anjos com armas avançadas de última geração e barreiras de proteção conhecidas como ""Campos Absolutos de Terror"".

Anos depois de ser abandonado por seu pai, Shinji Ikari, filho de 14 anos de Gendou, retorna a Tóquio-3. Shinji passa por uma batalha interna perpétua contra o trauma profundamente enterrado causado pela perda de sua mãe e o abuso emocional que sofreu pelas mãos de seu pai. Aterrorizado em se abrir para outro, a vida de Shinji é para sempre mudada ao encontrar Misato Katsuragi, uma oficial de alto escalão da NERV, de 29 anos, que mostrou-lhe uma gentileza maternal livre de espírito que ele nunca havia experimentado.

Um ataque devastador do Anjo força Shinji a agir a medida que Gendou revela sua verdadeira motivação por convidar seu filho de volta a Tóquio-3: Shinji é a única criança capaz de pilotar eficientemente a Unidade-01 do Evangelion, um novo robô que sincroniza com sua biometria. Apesar do brutal trauma psicológico provocado pelo pilotamento de um Evangelion, Shinji defende Tóquio-3 contra a ameaça angelical, alheio às sombrias maquinações de seu pai.