Há muitos anos, após o fim de uma sangrenta guerra mundial, a humanidade encontrou refúgio em seis cidades-estado que eram pacíficas e perfeitas... pelo menos superficialmente. No entanto, Shion - um residente de elite da cidade-estado No. 6 - obteve uma nova perspectiva sobre o mundo em que vive, graças a um encontro fortuito com um misterioso garoto chamado Nezumi. Nezumi acabou sendo apenas um entre muitos que viviam no desolado ermo além das muralhas da suposta utopia. Mas, apesar de saber que o outro garoto era um fugitivo, Shion decidiu acolhê-lo por uma noite e protegê-lo, o que resultou em consequências drásticas: por causa de suas ações, Shion e sua mãe perderam seu status de elite e foram relocados para outro lugar, e o lado mais sombrio da cidade começou a se manifestar.

Agora, muito tempo depois de seu primeiro encontro que mudou sua vida, Shion e Nezumi finalmente se reúnem - o ex-elite e o garoto em fuga estão prestes a embarcar em uma aventura que, com o tempo, revelará os segredos arrebatadores da No. 6.