Depois que sua mãe ganha uma viagem grátis para as ilhas, o treinador Pokémon Satoshi e seu parceiro Pikachu dirigem-se para a Ilha Melemele na bela região de Alola, que é cheia de novos Pokémon e até variações de rostos familiares.

Eager para explorar a ilha, Satoshi e Pikachu ficam animados, perdendo rapidamente seu caminho enquanto perseguem um Pokémon. Ao acaso, eles encontram a Escola Pokémon, uma instituição onde os alunos vêm para aprender mais sobre essas fascinantes criaturas.

Na escola, quando ele e um dos alunos - o convincente Kaki - têm um encontro com os nefastos bandidos do Team Skull, Satoshi descobre o enorme poder dos Z-Moves, ataques poderosos originados da região de Alola que requerem sincronia entre treinador e Pokémon. Mais tarde, ele e Pikachu têm um encontro com o Pokémon guardião misterioso de Melemele Island, o Kapu Kokeko. A lenda Pokémon lhes dá um Z-Ring, uma ferramenta necessária para usar os Z-Moves. Dazzled pela batalha anterior e agora com um Z-Ring, Satoshi e Pikachu decidem ficar na região de Alola para aprender e dominar a força desses novos ataques poderosos.

Inscrição na Escola Pokémon, Satoshi é acompanhado por colegas de classe como Lillie, que ama Pokémon, mas não consegue tocá-los, Kaki e muitos outros. Entre a frequência de aulas, repelindo a persistente Equipe Rocket - que já chegou em Alola para abrir o caminho para os planos futuros da organização - e assumindo o Desafio da Ilha que é necessário para dominar os Z-Moves, Satoshi e Pikachu estão prontos para uma nova e emocionante aventura.