Em um conto de fadas que se tornou realidade, a desajeitada, doce e gentil Ahiru parece uma protagonista improvável. Na verdade, Ahiru é tão mágica quanto os gatos e crocodilos falantes que habitam sua cidade - pois Ahiru é realmente um pato! Transformada pelo misterioso Drosselmeyer em uma garota humana, Ahiru logo descobre o motivo de sua existência. Usando seu pingente mágico em forma de ovo, Ahiru pode se transformar em Princess Tutu - uma bailarina bonita e talentosa cujas danças aliviam as pessoas do tumulto em seus corações. Com sua nova habilidade, Ahiru aceita o desafio de coletar as lascas perdidas do coração de seu príncipe, pois há muito tempo ele o havia destruído para selar um corvo malvado para sempre.

Princess Tutu é uma história de heróis e sua luta contra o destino. Suas crenças, seus sentimentos e, em última análise, suas ações determinarão se este conto de fadas pode alcançar seu ""felizes para sempre"".