O Império de Alzano abriga uma das escolas de magia mais distintas do mundo: a Academia Imperial de Magia de Alzano. Aqui, jovens ambiciosos fazem treinamento para se tornar magos competentes. Sistine Fibel, uma nobre severa, e sua amiga otimista Rumia Tingel frequentam a academia determinadas a cultivar suas habilidades mágicas.

No entanto, seu mundo é abalado quando seu professor favorito se aposenta de repente e o enigmático Glenn Radars o substitui. Sua atitude preguiçosa e indiferente com a vida e a magia rapidamente o coloca em desacordo com a classe. Além disso, forças nefastas escondidas dentro das paredes do império começam a se tornar ativas, e Sistine, Rumia e Glenn se encontram envolvidos em seus esquemas.

Rokudenashi Majutsu Koushi to Akashic Records segue Sistine, que é cativada por um misterioso Castelo Flutuante no céu; Rumia, que é assombrada por um passado turbulento; e Glenn, que pode ser mais do que aparenta. Embora completamente diferentes na superfície, eles estão inexplicavelmente ligados por um fio do destino.