A guerra contra o Shogunato Tokugawa terminou há anos. Mas há aqueles que não estão satisfeitos com o desfecho. Shigure Takimi testemunhou seus amigos e familiares serem brutalmente assassinados em nome da liberdade e da prosperidade. Agora, ele e um grupo de rebeldes desesperados juraram resolver uma última conta. Apenas um homem está em seu caminho: Kenshin Himura. No entanto, quando Shigure descobre a verdadeira identidade de Kenshin como o Hitokiri Battousai, sua luta se torna uma vingança pessoal. A história se desenrola em um Japão do século XIX, durante a era Meiji, onde Kenshin, um ex-assassino que se tornou protector do povo, tenta deixar seu passado sombrio para trás. Mas os fantasmas desse passado e os conflitos com aqueles que ainda desejam a violência o forçam a confrontar não apenas os inimigos do presente, mas também as suas próprias sombras.