Há 22 anos, na prefeitura de Kanazawa, um estranho fenômeno ambiental fez a terra se dividir e se projetar para cima, atingindo alturas sem precedentes, criando a área isolada conhecida como The Lost Ground. Kazuma é um jovem mercenário que vive em The Lost Ground, procurando qualquer trabalho que possa encontrar para sustentar sua vida dentro do ambiente difícil. Ele é uma das poucas pessoas que têm a habilidade de Alter, que permite que ele cubra seu braço direito e torso com uma liga metálica. Quando esse mercenário encontra a HOLY, uma ordem cujo objetivo é suprimir e capturar o que eles chamam de Native Alter Users, e um dos membros de elite da HOLY, Ryuho, uma rivalidade épica começa.