Passando apenas alguns meses após a série OVA Saber Marionette J, esta nova parcela na linha Saber Marionette segue as contínuas aventuras de Otaru e seu clã de marionetes altruístas e obsessivas. Desta vez, o malvado Faust está de volta e novamente brincando com a tecnologia de marionetes que nunca deveria ser explorada. As Saber Dolls estão de volta e divididas entre seu novo amor por Otaru e sua lealdade inabalável a Faust. Será que Otaru, Lime, Cherry e Bloodberry conseguirão deter Faust novamente ou estão todos destinados ao ferro-velho?