O ano é 1983. A Guerra Fria está em pleno efeito e a humanidade está sob ataque. Estranhos alienígenas, chamados de ""BETA"", desceram à Terra com o objetivo de destruir toda a vida. Soldados foram encarregados de pilotar grandes trajes de combate chamados de ""Tactical Surface Fighters"" (TSF) para repelir os invasores alienígenas, mas a linha de frente está sendo empurrada lentamente em direção às cidades sobreviventes. Schwarzesmarken segue a história do segundo tenente Theodor Eberbach e os outros membros do esquadrão 666º TSF, uma unidade impiedosa que valoriza a conclusão da missão acima da vida humana. Baseada na Alemanha Oriental e liderada pela heroína de guerra capitã Irisdina Bernhard, a unidade é especializada em ataques de contra-ataque em BETA classe-laser. Mas o esquadrão 666 se encontra com mais inimigos do que apenas as forças alienígenas quando a otimista novata Katia Waldheim se junta ao esquadrão, chamando a atenção da polícia secreta da Alemanha Oriental, a Stasi.