À beira de uma seca cataclísmica, os Leitores de Estrelas do Império Shin Yogo devem elaborar um plano para evitar a fome generalizada. Antigas lendas dizem que o primeiro imperador, junto com oito guerreiros, matou um demônio da água para evitar uma grande seca e salvar a terra que se tornaria Shin Yogo. Se um demônio da água aparecesse novamente, sua morte poderia trazer a salvação. No entanto, o demônio da água se manifesta dentro do corpo do filho do imperador, o Príncipe Chagum, que é sacrificado para salvar o império por ordem do imperador.

Enquanto isso, uma mercenária misteriosa chamada Balsa, armada com uma lança, chega em Shin Yogo a trabalho. Depois de salvar Chagum de uma tentativa de assassinato mal disfarçada, a mãe de Chagum a encarrega de protegê-lo do imperador e seus caçadores. Ligada por um juramento sagrado que fez no passado, Balsa aceita.

Seirei no Moribito segue Balsa em sua jornada para proteger Chagum, explorando a beleza da vida, natureza, família e dos laços que se formam entre estranhos.