A segunda fase da batalha conhecida como Plano Sekirei está em curso. Shintou Teito foi isolada, nenhum Sekirei ou Ashikabi pode sair. Minato Sahashi e seu harém de Sekirei agora devem se preparar para lutar novas batalhas, já que mudanças nas regras foram estabelecidas. No entanto, nem todos os grupos voltarão à batalha: alguns Sekirei são muito amados por seus parceiros Ashikabi, que preferem desistir do prêmio a vê-los perecerem.

No meio da ação, alguém próximo a Minato pode estar mais envolvido do que ele jamais imaginara, e ameaças espreitam em cada esquina. Há até rumores de que os ""Single Numbers"", o tipo mais poderoso de Sekirei, entraram na briga. Aos olhos do ""Mestre do Jogo"" Minaka Hiroto, tudo está seguindo conforme o plano.