Em uma sociedade pós-apocalíptica, grande parte do Japão, afetado por terremotos, foi deixado em ruínas, resultando em uma abundância de vegetação. Os governos controlam grande parte das emissões do mundo, resultando em uma enorme disparidade de classe e econômica. O governo japonês lança ""Projeto Atlas"", uma cidade utópica que substituirá Tóquio, mas que só pode comportar um número limitado de pessoas. Essa limitação significa que algumas pessoas terão que viver fora da cidade em selvas, como refugiados.

No entanto, como em qualquer plano falho, há aqueles dispostos a desafiá-lo. Estes incluem Kuniko Houjou, herdeira de uma cidade renegada; Mikuni, uma criança misteriosa e poderosa mantida em um templo secreto; Kunihito Kusanagi, um soldado para o monopólio de alta tecnologia e exclusivo Atlas; Karin Ishida, uma economista genial com suas mãos nos mercados de todo o mundo; e a vilã Ryouko Naruse, liderando Atlas na dominação deste mundo futuro.

Este grupo de rebeldes, formando um movimento conhecido como ""Era do Metal"", pode se unir para demonstrar que a inclusão e o trabalho em equipe prevalecem sobre a cruel segregação?