Na escura cidade subterrânea de Lux, as pessoas vivem com medo e desespero sob o domínio de várias facções criminosas. Quase isoladas da superfície, a única interação dos gangues com o mundo exterior é a sua operação de mineração de ""raffia"", que é a razão de existir da cidade.

Disponível apenas em Lux, essa rara substância é a base de transplantes de ""texhnolyze"" que permitem aos humanos substituir partes do seu corpo por próteses cibernéticas. Estas têm a particularidade de não desencadear uma resposta imunitária nos seus hospedeiros e a ""Class"" tem o privilégio de conduzir pesquisas sobre elas. Essa organização elusiva, também encarregada da produção de raffia, delega a sua autoridade executiva a um grupo chamado Organo, liderado por Keigo Oonishi - um homem autojusto com pernas texhnolyzed que é rumores de ouvir a ""voz da cidade"".

O frágil equilíbrio de poderes em Lux é perturbado quando um misterioso visitante chamado Kazuho Yoshii começa a cometer uma série de crimes que coloca os gangs na garganta um do outro. No meio do caos, novos atores surgem: Ichise, um ex-boxeador mutilado pelo Organo e recentemente texhnolyzed por Eriko ""Doc"" Kamata e Ran, uma jovem florista que pode ver o futuro. Enquanto Lux mergulha gradualmente na insanidade, tanto Ichise quanto Ran se encontram envolvidos na maior crise que a cidade já enfrentou.