A vida de Kimihiro Watanuki nunca foi realmente normal. Além de sua habilidade em ver espíritos, essa sequência de xxxHOLiC o encontra ainda trabalhando arduamente para Yuuko, a dona bizarra de uma loja estranha, que prometeu livrá-lo dessa habilidade. No entanto, essa mulher de outro mundo só pode fazê-lo quando ele trabalha o suficiente para ganhar seu desejo. Essa é a maneira pela qual qualquer um que entre na loja para ter seu pedido atendido deve pagar uma compensação equivalente ao seu desejo.

Nesta loja estranha que está entre o mundo dos vivos e dos mortos, Watanuki se encontra fazendo tarefas domésticas para a aparentemente preguiçosa Yuuko e seus companheiros, enquanto também ajuda os clientes. Junto com seus colegas de classe, o suposto rival romântico Shizuka Doumeki e sua paixão Himawari Kunogi, Watanuki lida com as muitas desventuras que cercam os clientes de Yuuko, assim como aqueles que o seguem e seus amigos de perto.