No mundo dos Duelos de Monstros, uma nova geração de duelistas aguarda a vez de lutar pelo título mais alto: O Rei dos Jogos. Como um duelistas aspirante, o despreocupado Juudai Yuuki se matricula na Academia de Duelos, uma instituição respeitável encarregada de nutrir esses desafiantes em potencial.

No entanto, em seu primeiro dia, a atitude descontraída e descuidada de Juudai faz com que ele chegue atrasado em seu exame de admissão. Lá, ele encontra uma figura familiar que lhe confia o ""Winged Kuriboh"", um card que se torna o novo parceiro de Judai. Em breve, ele começa a viver como um duelista - mas será que o destino e a escuridão vão dobrar sua realidade em algo além de sua imaginação?

YuGiOh!: Duel Monsters GX segue a história de Juudai enquanto ele se esforça para alcançar seu objetivo de se tornar o próximo Rei dos Jogos. À medida que são lançados em inúmeras circunstâncias sem precedentes, uma coisa é certa para Juudai e seus amigos - nunca haverá um momento entediante na Academia de Duelos!